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Júpiter - Sistema de Graduação |
| Instituto de Ciências Biomédicas |
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| Parasitologia |
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| Disciplina: BMP0216 - Bioinformática e Genômica |
| Créditos Aula: |
4 |
| Créditos Trabalho: |
0 |
| Carga Horária Total: |
60 h |
| Tipo: |
Semestral |
| Ativação: |
01/01/2014 |
| Objetivos |
- Transmitir ao aluno o conceito de análise in silico
- Transmitir os conceitos gerais de Genômica, incluindo estrutura física, organização gênica e aspectos evolutivos;
- Apresentar os principais métodos e ferramentas de Bioinformática para a análise de sequências biológicas;
- Apresentar algumas das bases de dados de dados genômicos e ferramentas de análise em web.
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| Docente(s) Responsável(eis) |
| 2796430 - Arthur Gruber |
| 763756 - João Marcelo Pereira Alves |
| 1780910 - Robson Francisco de Souza |
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| Programa Resumido |
| Conceitos gerais de genômica e análise in silico de dados biológicos, apresentação dos principais métodos e ferramentas de Bioinformática para a análise de sequências biológicas, bases de dados de dados genômicos e ferramentas de análise em web. |
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| Programa |
Teórico
Anatomia de genomas: estrutura física e organização gênica de genomas;
Conceitos básicos de genômica e bioinformática;
Introdução ao sistema Linux;
Buscas de similaridade – conceito e aplicações;
Motivos proteicos: abordagens e aplicações;
Montagem de sequências de DNA;
Conceitos de anotação de genomas e transcritos;
Bases de dados de ortologia e vias metabólicas;
Anotação integrada de genomas e transcritos: sistemas de pipelines;
Evolução molecular;
Introdução à análise filogenética;
RNA-Seq;
Microarranjos;
Biologia de sistemas.
Prático:
Treinamento no computador com os principais programas de Bioinformática abordados
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| Avaliação |
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| Método |
Serão aplicadas avaliações teórico-práticas que consistirão de questões dissertativas sobre conceitos de genômica e bioinformática, focadas na análise in silico e interpretação de dados biológicos. As avaliações poderão conter também exercícios práticos que exigirão o uso de ferramentas bioinformáticas em linha de comando e/ou através de navegadores web. Nesse caso, os estudantes terão acesso dutante a execução da prova a computadores contendo as ferramentas de análise e acesso internet. |
| Critério |
A nota da disciplina (D) será calculada pela média aritmética dos conceitos obtidos em duas avaliações teórico-práticas. A critério dos professores, poderá ser incluída uma avaliação adicional, no formato de seminários ou questionários em grupo. Nesse caso, o conceito do módulo será calculado pela média ponderada das notas das provas 1 (peso 2) e 2 (peso 2), e da avaliação adicional (peso 1). Serão considerados aprovados os estudantes que obtiverem média final igual ou superior a cinco (5,0).
Não haverá prova substitutiva. O não comparecimento a qualquer prova implicará em falta e conceito zero (0).
Os estudantes reprovados, com conceito final entre três (3,0) e quatro e nove (4,9), terão direito de realizar a Recuperação, a qual será oferecida no semestre corrente e será cumulativa, versando sobre todo o conteúdo da disciplina.
Serão considerados reprovados na Disciplina, sem direito à Recuperação, os estudantes que obtiverem média inferior a três (3,0) e/ou frequência em aula abaixo de 70%. |
| Norma de Recuperação |
A Recuperação será composta de duas provas globais cumulativas, uma teórica e uma prática, a serem realizadas no semestre letivo subsequente ao oferecimento da disciplina. A nota da Recuperação (R) será calculada pela média aritmética dos conceitos obtidos nas provas teórica e prática.
O conceito final (F) da disciplina será calculado como segue:
Conceito final (F) = [ nota da Disciplina (D) + nota da Recuperação (R) ] ÷ 2.
Serão considerados aprovados os alunos que obtiverem conceito final (F) igual ou maior do que cinco (5,0). |
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Agostino, M. (2012). Practical Bioinformatics. Garland Science, 1st edition, USA.
Baxevanis, A.D. & Ouellette, B.F.F. (2005). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. 3rd edition. John Wiley & Sons, Inc., New York, USA.
Brown, S.M. (2013). Next-Generation DNA Sequencing Informatics. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1st edition, USA.
Brown, T.A. (2006). Genomes 3. Garland Science, 3rd edition, USA.
Lesk, A.M. (2012). Introduction to Genomics. Oxford University Press, 2nd edition, USA.
Lesk, A.M. (2014). Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 4th edition, USA.
Mount, D.W. (2004). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 2nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, USA.
Pevzner, P. & Shamir, R. (2011). Bioinformatics for Biologists. Cambridge University Press, 1st edition, UK.
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